Внимание! Добавление элементов в XAML Resource Dictionary из того же проекта, где расположен сам файл ресурсов

Вы приеняете тему из Silverlight Toolkit или свою тему с помощью ImplicitStyleManager и решили добавить в файл темы свои разработанные элементы, причем файл темы и ваши элементы лежат в одном проекте.
ImplicitStyleManager в Silverlight будет рвать в этом случае!

Обратите внимание, что автоматически подставляемая XML ссылка на namespace в вашем проекте получается без указания на сборку текущего проекта. Это обычное явление. Вот что вы получите при добавлении XML-референса в файл темы

xmlns:customControls="clr-namespace:MyProject.CustomControls"

А виноват в том, что рвется недоработанный ImplicitStyleManager. Он не переваривает XML-референсы без указания на сборку. Вот такой он :)
themingToolkit:ImplicitStyleManager.ResourceDictionaryUri="Themes/Generic.xaml"

Лечиться это легко, в вашем xmlns: добавте assembly=MyProjectAssemblyName
В результате вы получите:

xmlns:customControls="clr-namespace:MyProject.CustomControls; assembly=MyProjectAssemblyName"

Вуаля, работайте дальше.

Для поисковиков приведу возникающие при этом ошибки

Ошибка: Unhandled Error in Silverlight Application
Code: 2255
Category: RuntimeError
Message: AG_E_PARSER_BAD_TYPE
MethodName:

Unhandled Error in Silverlight Application AG_E_PARSER_BAD_TYPE [Line: 46 Position: 81]

Ну как-то так :)
Я про это как-то видел на форумах (EN), но тогда не обратил внимание на стонания бедного индуса :)